En 1953, Alice y Nikolaus Harnoncourt se casaron en Graz. La pareja tuvo cuatro hijos: Elisabeth (nacida en 1954), Philipp (nacido en 1955), Eberhard (1957-1990) y Franz (nacido en 1961). “Además de sus funciones en la familia, ella es la fuerza casi inagotable detrás de todas las actividades artísticas y la única autoridad cuya opinión es esencial para ella (Nikolaus Harnoncourt, nota del editor)”, describe a la biógrafa de Harnoncourt, Monika Mertl, en su libro. Denken desde el corazón”. Ella tiene “una riqueza de poder” que nunca juega. “En las relaciones personales, es sencilla, vivaz, encantadora, amistosa y comprensiva, desea en principio accesible. (…) Ella no se supeditó a los objetivos que su esposo había fijado para su vida en común,
En 2011, la pareja recibió la “Condecoración de Honor de Oro por Servicios al Estado de Viena”. “Los Harnoncourt están viviendo una simbiosis artística como ninguna otra”, dijo en ese momento el concejal de Cultura de la ciudad de Viena, Andreas Mailath-Pokorny. Alice Harnoncourt estaba encantada: “Por fin tengo un precio”.En 2016, con la muerte de Nikolaus Harnoncourt, no solo se puso fin a esta simbiosis artística, sino también a una era.
Alice Harnoncourt mantuvo vivas las ideas que ella y su esposo habían defendido durante toda su vida. En 2017 publicó el libro “Somos una comunidad de descubrimiento” con las notas de su esposo sobre el origen del Concentus Musicus, en 2018 publicó un libro con sus notas sobre su familia, en 2020 publicó sus ensayos “Über Musik”. Y este año se la pudo escuchar con Judith Hoffmann, editora en jefe de Ö1, en un podcast sobre grabaciones de audio recientemente descubiertas de las conferencias del director de orquesta de la década de 1970. Su voz y su forma de tocar el violín ahora se reducen al silencio para siempre.