Leopold Stokowski tiene una carrera extraordinariamente larga como director. Su debut orquestal se produjo en 1909 y seguía dirigiendo activamente hasta el momento de su fallecimiento, a la edad de 95 años, en 1977. Logró sus mineros aplausos como gran director, dirigiendo la Orquesta Sinfónica de Cincinnati. Utilizó su puesto en Cincinnati como paso intermedio antes de llegar a la Orquesta de Filadelfia, que dirigió con gran estilo y distinción durante 29 años.

A menudo, durante su actuación en Filadelfia, Stokowski realizó y ejecuto transcripciones orquestales de obras de diversos compositores, especialmente Bach. La más conocida de estas transcripciones es la de la Toccata y fuga en Re menor de Bach, que originalmente era para órgano. Frecuentemente, Stokowski interpretó esta obra durante sus primeros años como organista; fue una de sus primeras grabaciones con la Orquesta de Filadelfia; apareció en disco en 1927. El director-orquestador escribió:

"La Toccata y Fuga en Re menor es como una vasta rebelión de la naturaleza. Da la impresión de inmensas nubes blancas y tormentosas -como las que a menudo flotan en el aire del Sena- o la monumental majestuosidad del Himalaya. La Fuga está comprendida en el marco de la Toccata, que la precede y la sucede. Esta obra es una de las supremas inspiraciones de Bach; la cadencia final es como un “conjunto masivo de columnas dóricas de mármol blanco."

Como prólogo a la orquestación de la Toccata y Fuga, Stokowski escribió:

"De toda la música de Bach, esta Toccata y Fuga se encuentra entre las piezas más libres en cuanto a forma y expresión. Bach tenía el hábito de improvisar en el órgano y el clave y esta Toccata probablemente se inició como una improvisación en la iglesia de Santo Tomás en Leipzig [la fecha de esta composición hace que esta afirmación probablemente sea falsa]. En esta iglesia enorme, angosta, elevada, las armonías atronadoras deben haber resonado larga y tempestuosamente porque esta música tiene una potencia y una majestuosidad cósmica. Sus principales características son una inmensa variedad de ritmo y la plasticidad de la melodía. En la secuencia de armonía es audaz e innovadora. Su arquitectura tonal es irregular y asimétrica. De todas las creaciones de Bach, esta es la más original. Su inspiración fluye incesante. El espíritu es universal, de modo que siempre será contemporánea y transmitirá un mensaje directo a todos los hombres."

En otra ocasión, Stokowski escribió:

"Si Bach estuviera vivo en la actualidad, sin duda escribiría música gloriosa para la tan evolucionada orquesta moderna; no encontraría límites a su expresión sino que utilizaría cada uno de los recursos de la orquesta actual así como utilizó cada uno de los recursos del órgano en su propio tiempo."

La Toccata y Fuga es una obra especialmente apropiada para la orquesta moderna. Sus sonoridades macizas, su figuración brillante que sugiere una improvisación y su abierta potencia emocional parecen reclamar a gritos un tratamiento sinfónico. Además, sus figuras que se alternan rápidamente entre notas de dos o tres registros diferentes, sugieren más bien que hubiera sido escrita para cuerdas en vez de órgano.

Las transcripciones de Bach realizadas por Stokowski siempre fueron muy controvertidas. Los puristas intelectuales, por una parte, han objetado la supuesta profanación de las obras maestras de Bach. Por otra parte, algunos hasta han dudado de si el mismo Stokowski realizó estas orquestaciones. Este siempre mantuvo una agenda muy activa de trabajo en materia de dirección, y es difícil imaginar que se tomara el tiempo para escribir laboriosamente cada una de las partituras orquestales en su totalidad.

Un clarinetista de la Orquesta de Filadelfia, Lucien Cailliet, alega haber hecho algunos de los arreglos de Bach-Stokowski: "Yo orquesté la Toccata y Fuga en Re menor de Bach... en relación con mi trabajo como orquestador de la Orquesta de Filadelfia... Por supuesto, previamente sostuvimos algunas discusiones, después de todo, él era organista y músico famoso... Debo confesar que, durante el transcurso de mi trabajo, Stokowski me pidió desde un principio que no mencionara ni hablara acerca del asunto y que mantuviera la situación entre nos, agregando que la gente no entendería'. Así es como el nombre de Stokowski apareció en los programas en calidad de orquestador." La frase crucial es "que previamente sostuvimos algunas discusiones". ¿Cuan detalladamente instruyó Stokowski a Cailliet con respecto a los instrumentos que debían tocar las distintas partes de la música? Muchos otros músicos han alegado haber "ayudado" a Stokowski con sus arreglos orquestales, trabajando a partir de marcaciones detalladas en las partituras originales para teclado. Sin embargo, el director sostuvo permanentemente que él mismo había hecho las orquestaciones.

Aun si estas transcripciones horrorizan a los puristas, y aun si no fueran totalmente obra de Stokowski, se les debe reconocer que han acercado la música de Bach a una audiencia muchísimo más extensa que la que normalmente asiste a conciertos de órgano, corales y barrocos. Seguramente el público más numeroso que Bach haya tenido jamás para su Toccata y Fuga en Re menor, transcripta por Stokowski y ejecutada por él mismo y la Orquesta de Filadelfia, fue en la película de Walt Disney de 1940, Fantasía. Los snobs de la música pueden haber sentido que era apropiado que Stokowski se diera la mano con Mickey Mouse en esa película, pero no hay manera de negar el impacto que tuvo el film. Mucha gente asistió a su primer concierto para oír más música del tipo con el que se había encontrado por primera vez en Fantasía. Los dibujos animados que acompañaron a la Toccata y Fuga son indudablemente los más imaginativos de la película, porque sus líneas abstractas (que luego se convierten en arcos de violín en movimiento) reflejan con gran hermosura el carácter de la música. La película Fantasía ha sido exhibida una y otra vez, de manera que sigue sirviendo para introducir a muchísimas personas en la música sinfónica.

Las controversias que rodean a las transcripciones de Stokowski han sido analizadas por el compositor y crítico Eric Salzman:

"Se ha derrochado tanta tinta y se han ventilado tantas iras sobre la cuestión de las transcripciones de Stokowski, que vale la pena recordar algunos hechos: Stokowski era un gran intérprete de Bach y fue un verdadero pionero en introducir su música no sólo en los programas orquestales sino también en las grabaciones. De hecho, contribuyó a poner a toda una generación en contacto con Bach, y sus arreglos, interpretaciones y grabaciones fueron recibidas con apasionamiento hasta (o especialmente) por los que ya la conocían, en una época en que Mozart seguía siendo considerado como un jovenzuelo simpático con peluca graciosa. Y no olvidemos que la transcripción era considerada (como todavía debería serlo) como una rama del arte musical. Schoenberg transcribió a Bach, y también lo hicieron Webern y Stravinsky. Y, a decir verdad, también lo hizo Bach, que también transcribió la música de sus contemporáneos con tanta asiduidad que los expertos todavía hoy están discutiendo quién hizo qué y a quién."

Las "transcripciones" de este tipo son algo normal en el teatro. Si un grupo de teatro contemporáneo puede, por ejemplo, representar el Julio César de Shakespeare en un entorno que sugiere a un país del tercer mundo en guerra a mediados del siglo XX, ¿por qué no puede una orquesta sinfónica moderna interpretar las obras para órgano de Bach?